《秘密中的少女2》一名女子在公司团建大巴上被迷晕后带到实验室，她是第一代变种人且已怀孕，实验室以白博士为首的人想利用她创造更多变异人。多年后，实验室被一群变异人攻入，一位少女身中数弹，却凭借强大修复能力逃出。少女逃出后被黑社会人员抓上面包车，在车内遇见了被黑社会老大龙久威胁交出农场的庆熙。黑社会人员毒打庆熙，激怒了少女，她出手解决了这些人。车子冲进树林后，庆熙将少女带回农场，把她当作妹妹对待，少女在农场逐渐恢复身体。 一天晚上，黑社会的人强行闯入农场，想要霸占农场，庆熙和弟弟大吉遭到毒打。少女运用奇特能力赶走了他们。然而，一群变异人从黑社会口中得知少女踪迹，奉命追捕少女的女特工赵贤和助手们也发现了她的位置，他们纷纷赶往农场。变异人赶到农场后杀了庆熙，大吉也被黑社会枪杀。醒来的少女想起与庆熙的相处时光，返回农场，利索地解决了变异人老大。女特工因正义感与变异人战斗，却败下阵来。最终，少女用意念将变异人粉身碎骨。此时，第一代魔女具子允出现，她是少女的姐姐，此前袭击实验室的变异人就是她派去的。姐妹俩终于团聚，姐姐将药物注射进入妹妹体内，带着妹妹离开，准备合力救出她们的母亲，影片就此结束。
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